De organisatie van Havenfestival IJmuiden bestaat uit het bestuur en de projectgroep.
De organisatie van Havenfestival IJmuiden wordt geleid door de Stichting PreSail Havenfestival IJmuiden. Het bestuur van de stichting draagt de formele eindverantwoordelijkheid voor het evenement, waarbij de belangrijkste taken bestaan uit relatiebeheer en de financiering van het festival. Het bestuur is samengesteld uit de volgende leden:
De dagelijkse organisatie van het festival wordt uitgevoerd door een projectgroep, die onder toezicht staat van het bestuur. Deze projectgroep bestaat uit professionals van Producers Company en een aantal vrijwilligers. De programmatische invulling is een gezamenlijke inspanning van Producers Company en de vrijwilligers, terwijl de productionele verantwoordelijkheden voor veiligheid, verkeer, bouwwerken, milieu en gezondheid bij Producers Company liggen.
De projectgroep is opgedeeld in verschillende werkgroepen, waarbij elk lid verantwoordelijk is voor een specifiek aspect van het festival. De projectgroep wordt geleid door een voorzitter, die tevens lid is van het bestuur, en een projectleider, die vanuit Producers Company fungeert als de centrale coördinator met focus op de planning en kostenbeheersing. De leden van de projectgroep zijn: